Al Super Cub se le dio un diseño paso a paso para que fuera fácil de montar y fue diseñado para ser simple de operar, así como lo suficientemente ágil para navegar por las concurridas calles de los países en desarrollo. Cuando la CB750 hizo su debut en 1969, la Super Cub se había actualizado dos veces. En 1962, Honda lanzó al mercado el biplaza CA100, y en 1966, Honda introdujo el C50, que tenía un nuevo motor de árbol de levas en cabeza y una apariencia más parecida a la de un scooter.
En 1981, se creó el CT110, una versión del Super Cub orientada a los senderos. Este modelo tenía el motor Super Cub más grande y potente hasta la fecha, un monocilíndrico de 105 cc que generaba 7,5 caballos de fuerza. Una versión Super Custom del Super Cub 50 llegó a las carreteras en 1983, con una sorprendente economía de combustible de 180 km/l (más de 420 mpg).
El Super Cub 50 Standard de 1991 trajo algunos cambios estéticos y la adición de un indicador de combustible analógico. En 1998, Honda construyó el C100 BIZ para los mercados brasileños. Este Super Cub tenía un carenado más grande y una rueda trasera más pequeña para dejar más espacio de almacenamiento debajo del asiento.