En cuanto a lo que llevó a la caída de las ventas del Isuzu Trooper, hubo un par de razones probables por las que los consumidores dejaron de comprar el vehículo. A principios de la década de 2000, el mercado de SUV en los Estados Unidos era dramáticamente diferente que cuando el Trooper saltó a la fama por primera vez, y los consumidores evitaban el diseño utilitario del Trooper en favor de SUV con características más compactas. Desafortunadamente para Isuzu, los clásicos de tamaño mediano como el Honda CRV y Toyota Rav-4 esencialmente arrinconó ese mercado antes de que pudieran encontrar un equilibrio con su Vehicross extrañamente concebido y otros modelos compactos.
Quizás más problemáticos para el Trooper que la tendencia a la reducción en el mercado de SUV fueron los informes de mediados de los 90 que plantearon serias dudas sobre su seguridad, principalmente que el diseño pesado del vehículo podría hacerlos propensos a volcarse al tomar una curva cerrada. Según los informes, una de esas pruebas encontró que el Trooper se inclinaba sobre dos ruedas al girar a solo 33 mph, lo cual es preocupante, por decirlo suavemente. Según se informa, las ventas de Troopers se desplomaron inmediatamente después de esos informes a pesar de la vehemente insistencia del fabricante de automóviles en que estaban lejos de ser exactos.
Si bien el Trooper finalmente se recuperó de la debacle, nunca volvió a su lugar de prominencia en el mercado de SUV norteamericano, y Isuzu detuvo la producción solo unos años después. A pesar de su caída, el Trooper sigue siendo un vehículo muy querido entre los entusiastas de los SUV e incluso ha llegado a ser buscado en el mercado secundario.