Mientras que el Stratofreighter utilizó un sistema de repostaje de «boom volador», el Pegasus utiliza un sistema de sonda y embudo (también conocido como manguera y embudo). En lugar de un tubo rígido, una «manguera larga y flexible con un embudo en forma de embudo en el extremo» se conecta directamente a una sonda retráctil en el avión que necesita combustible. Este sistema computarizado de vuelo por cable se puede operar independientemente del sistema de pluma.
Dado que la función principal de este avión es proporcionar combustible a aviones de última generación, el Pegasus debe presentar mejoras nunca antes vistas. La envolvente del receptor del brazo del KC-46A es tres veces más grande que la del antiguo KC-135. Puede transportar 212.000 libras de combustible y, desde que se entregó por primera vez a la Base de la Fuerza Aérea McConnell en Kansas en enero de 2019, ha descargado más de 100 millones de libras de combustible.
El KC-46A no es sólo una bestia pasiva que alimenta a los aviones de combate hambrientos de combustible. Está equipado con contramedidas en tiempo real listas para el combate, todas las cuales se combinan «para detectar, evitar, derrotar y sobrevivir a las amenazas». Sistema avanzado de gestión de batalla (ABMS) La integración puede proporcionar a la flota conocimiento de la situación mediante el intercambio de datos con los aviones durante el reabastecimiento de combustible. Además, está reforzado contra ataques nucleares, químicos y biológicos, y el blindaje de la cubierta de vuelo añade otra capa de protección.
Sin embargo, el Pegaso no está exento de problemas. No sólo le ha costado a Boeing más de 7 mil millones de dólares en pérdidas, sino que también está solucionando varias «deficiencias de Categoría 1» del avión. Un portavoz de la Fuerza Aérea dijo que estas deficiencias son tan graves que «pueden provocar la muerte, lesiones graves o enfermedades profesionales graves» si no se corrigen.
