Los motores GDi no están exentos de problemas; Afortunadamente para los consumidores, esos problemas están bastante bien documentados. El problema más grande y atroz con el que se encontrará el propietario de un motor GDI es la acumulación de carbono. Resulta que la gasolina es un excelente disolvente. En un motor de inyección de puerto, el combustible limpiaría los inyectores de combustible y las partes del motor en las que se rocía. Sin embargo, en un sistema de inyección directa, la adición de combustible es tan precisa que no limpia nada en su camino hacia el cilindro del motor. Por lo tanto, las combustiones acabarán provocando una acumulación de carbono con el tiempo.
La acumulación de carbón ocurre más comúnmente en la parte trasera de las válvulas de los cilindros. Esto se debe a que la gasolina no puede llegar allí, lo que impide que limpie el área como lo haría en un motor de inyección de puerto. El problema puede causar todo tipo de problemas, incluida la pérdida de potencia a velocidades más altas, una aceleración más lenta, fallas de encendido del motor, calado del motor y un motor más tembloroso. Ocasionalmente también activará la luz de verificación del motor. En el peor de los casos, poco común, el motor explotará sus propios cabezales de válvula y provocará una falla total del motor.
El otro problema potencial es el preencendido a baja velocidad (LSPI). LSPI es bastante común en motores GDi con turbocompresores. En resumen, el LSPI ocurre cuando el combustible no quemado previamente se quema nuevamente antes de que el motor esté listo para ello. Esto hace que el motor golpee, especialmente a bajas velocidades o durante una aceleración rápida y repentina. Si no se controla, LSPI puede causar todo tipo de problemas, incluida una falla total del motor. Por lo general, es causado por gotas de aceite que se mezclan con el combustible, lo que puede ayudar a que se queme antes de que el motor lo desee.